Sultan Mustafa II ra đời ngày 6 tháng 2 năm 1664 tại Istanbul. Là con của Sultan Mehmed IV và Emetullah Rabia Gulnus Sultana. Thân mẫu ông là người gốc Crete. Thuở nhỏ, ông học giỏi về môn khoa học. Ba ngày sau khi lên ngôi; vị tân vương tổ chức hội thề (hatti humayun) viết về những điều mình sắp thực hiện với tư cách là một hoàng đế. Trong văn bản của mình ông có nói, Trẫm và các khanh sẽ tuyệt đối được sống vui thú và an hưởng vinh hoa phú quý.[1] Ngoài ra, ông còn viết và gửi cho quan đại thần một văn bản dài hơn, Trẫm đây không lạm dụng quyền lực và vinh hoa phú quý. Nếu quá cần thiết trẫm chỉ ăn bánh mì. Trẫm hiến dâng long thể của mình cho Đạo Hồi. Trẫm nhận thấy đế quốc đang suy vong. Cho tới khi hoàn thành sứ mệnh của mình với đế quốc trẫm sẽ không ra chiến trường. Dĩ nhiên là khi có chiến tranh thì trẫm sẽ chỉ huy quân đội.[1]